7. Master Yamaji Kudeta Organisasi
Sementara itu, Tetua pimpinan organisasi diperlihatkan sedang terbaring di kasur karena menderita sakit. Kemudian, Tetua meninggal dan pemakaman saat tubuhnya dibakar dihadiri oleh seluruh anggota Ninja dan Master Yamaji. Usai kematian Tetua, Master Yamaji mengambil alih Organisasi dan mengumumkan bahwa organisasi akan melepaskan diri dari hukum Jepang. Sebab Master Yamaji akan memindahkan organisasi di bawah komando yang lebih besar. Bahkan, Master Yamaji mengancam akan mengasingkan dan melenyapkan para anggota yang tidak setuju dengan keputusannya tersebut.
Meskipun Mamat menentang keputusan tamak Yamaji, dia sempat melarang Jamal dan Atun menyerang Yamaji. Akibatnya, pergerakan Jamal dan Atun mendadak terhenti di udara karena terkena cekikkan Jutsu pengendali bayangan milik Yamaji. Kemudian, Yamaji menggunakan pedangnya untuk memenggal tubuh Jamal dan Atun dalam sekali tebas di waktu bersamaan. Beberapa Ninja organisasi hendak melakukan perlawanan, namun para Ninja asing berhasil menghentikan aksi mereka.
8. Ninja Pelarian & Pelindung Hologram Wajah
Mamat mengadakan pertemuan dengan beberapa Ninja. Mamat mengakui bahwa jika mereka semua bekerjasama akan ada kemungkinan bisa menghabisi Master Yamaji. Namun, Mamat melarang keinginan beberapa anggota tersebut, sebab Mamat menyakini setelah mengalahkan Yamaji mereka semua pasti akan tewas. Akibatnya, ideologi lama Ninja yang telah mereka anut dan diwariskan oleh leluhur selama berabad-abad akan musnah. Oleh sebab itu, Mamat menyarankan untuk meninggalkan organisasi dan menjadi Ninja Pelarian, serta mewariskan ideologi Ninja yang mereka anut ke generasi masa depan.
Berikutnya, Marry menemui Mamat untuk menunjukkan alat hologram pengubah wajah yang telah lama digunakannya. Marry memberitahu Mamat bahwa ia telah lama memakai alat pengubah wajah. Marry juga menjamin alat pemberiannya tersebut akan membantu Mamat beserta seluruh rekan yang hendak melarikan diri dari organisasi agar bisa kabur tanpa ketahuan. Mamat pun berterima kasih telah diberi alat hologram pengubah wajah dan mendoakan agar bayi yang dikandung Marry bisa lahir selamat.
9. Pertarungan Emma & Marry
Emma membuntuti Marry yang sedang berjalan sendirian di sebuah jalanan sunyi. Emma mengungkapkan tujuannya pada Marry, bahwa dia mendapat misi rahasia dari almarhum tetua pemimpin sebelumnya untuk menguji apakah salah satu kandidat calon pimpinan organisasi layak menjadi pemimpin. Jika tidak layak, maka Emma harus menghabisinya. Emma meminta maaf telah berbohong, namun ia terkejut saat Marry mengaku telah mengetahui misi Emma sejak pertama bertemu.
Emma juga memohon Marry untuk menggugurkan bayinya agar Marry bisa kembali hidup sebagai Shinobi. Namun, Marry bersiap menantang Emma bertarung. Emma dan Marry saling beradu pedang, hingga akhirnya Emma berhasil menggoreskan sedikit luka pada pipi Marry. Marry terkejut karena Emma selama ini telah menyembunyikan kemampuan berpedangnya yang hebat. Emma kemudian memberitahu Marry bahwa kebohongan dan tipuan adalah kemampuan yang wajib dikuasainya sebagai mata-mata.
Berikutnya, Emma dan Marry saling bersiap melancarkan serangan pedang pamungkas mereka. Alhasil, Pedang Marry terlempar dan pedang Emma bersiap menebas leher Marry. Namun, Emma mengakui bahwa Marry sebenarnya bisa menang jika tidak melakukan gerakan untuk melindungi bayinya. Emma memberitahu Marry bahwa dia sedang bingung dengan hidupnya. Dia ingin hidup sebagai Shinobi, tetapi organisasi telah berubah. Di sisi lain, dia merasa malu jika memilih hidup sebagai Ninja pelarian. Akhirnya, Emma memutuskan melakukan ritual harakiri, tetapi Marry berhasil menghentikan aksi Emma.
Setelah itu, Marry memberi jawaban yang dulu pernah ditanyakan Emma bahwa Ninja dituntut untuk tidak memiliki emosi. Namun, Marry mengungkapkan bahwa bayi yang sedang dikandungnya telah memberinya keluarga dan menjadi arti dalam hidupnya. Marry memberitahu Emma bahwa emosi tidak akan membunuh Ninja, justru akan memberi arti dalam kehidupan. Marry juga telah menganggap Emma adalah keluarganya dan meminta Emma tetap hidup. Emma pun menangis dan menuruti Marry. Emma juga telah menganggap Marry sebagai keluarganya. Bahkan, Emma mengaku sudah lupa dengan wajah orang tuanya, setiap kali mengingat, yang muncul selalu wajah Marry.
10. Emma Memutuskan Betugas Sebagai Mata-Mata
Sebelum Marry meninggalkan organisasi, dia bertanya apa yang akan dilakukan Emma. Emma memberitahu Marry bahwa dia akan menetap di organisasi untuk mengamati segala aktivitas yang dilakukan organisasi dari dalam di bawah kendali Auza. Emma akan memanfaatkan informasi tersebut untuk membantu para rekan yang telah menjadi ninja pelarian.
Setelah itu, Emma dan Marry masih saling berkomunikasi untuk memberi kabar tentang kehidupan mereka. Emma menceritakan bahwa dia telah diberi tugas oleh organisasi untuk menyusup menjadi agen FBI dan memiliki bos bernama Mike. Lalu, Marry menceritakan bahwa kesehariannya berumah tangga dalam mengurus bayi seperti bertempur, Marry menganggap mengurus anak lebih sulit dibandingkan tugas menjadi ninja. Bahkan, Marry juga menceritakan tentang Higan yang memiliki sifat tulus dan terbuka, tidak akan bimbang dalam situasi apapun, sehingga di masa lalu Higan bisa menjadi ninja terkuat dari yang lain.
Kembali ke masa kini, Higan dan Emma masih mengobrol. Emma memberitahu Higan bahwa Marry selalu bertarung untuk melindungi sesuatu dan menilai Marry sebagai ninja sejati. Oleh karena itu, selama di organisasi, Emma juga bersungguh-sungguh dalam menjalankan tugas penyelidikan tentang tujuan dari Master Yamaji. Higan bertanya pada Emma tentang tujuan Master Yamaji. Emma memberitahu Higan bahwa sekarang Master Yamaji sedang menyusun rencana besar.