3. Shisui Mencoba Membantu Itachi Tangani Konflik Kudeta Uchiha

Shisui mengadakan pertemuan dengan Sandaime, ia menyampaikan keresahannya perihal desa Konoha yang menuduh klan Uchiha sebagai dalang insiden Kyubi. Oleh sebab itu, Shisui meminta izin pada Sandaime untuk berhenti dari tugas reguler sebagai Jonin, sebab ia ingin ditugaskan untuk memperbaiki hubungan yang rusak antara Desa Konoha dan klan Uchiha agar bisa saling mempercayai lagi. Alhasil, Sandaime pun mengizinkan Shisui melakukan misi investigasi rahasia dan memberikannya wewenang.

Berikutnya, Shisui menemui Itachi. Shisui memberitahu Itachi bahwa misinya adalah menjernihkan kecurigaan antara Konoha dan Klan Uchiha. Ia ingin tahu pendapat Itachi tentang situasi konflik antara Konoha dan Uchiha. Itachi memberitahu Shisui bahwa ketidakpercayaan antara Klan Uchiha dan Desa Konoha semakin memburuk. Ia mengatakan bahwa jika salah satu pihak, baik Uchiha maupun Konoha, mau memulai mempercayai, maka pihak lain juga akan membalas kepercayaan tersebut. Namun, jika kedua belah pihak terus saling tidak percaya, hal ini akan bertambah buruk.

Shisui kemudian bertanya kepada Itachi apakah Fugaku serius ingin melakukan kudeta? Sebab Shisui tidak setuju dengan Fugaku, karena yakin bahwa kudeta akan berdampak buruk bagi kedua belah pihak. Itachi mengaku menentang rencana kudeta, tetapi ia merasa sulit mencegahnya. Shisui menyarankan Itachi untuk tidak melakukan apa pun, karena Itachi telah dicurigai sebagai pengkhianat oleh kepolisian Klan Uchiha. Shisui mengakui bahwa dirinya juga ditugaskan untuk memata-matai Itachi oleh kepolisian.

Ketika Itachi meminta izin pada ayahnya untuk tidak hadir pada pertemuan klan Uchiha karena sedang menjalankan misi rahasia, Fugaku marah. Ia mengingatkan bahwa tugas Itachi adalah menjadi jembatan informasi bagi klan Uchiha ke pusat desa Konoha. Fugaku juga mewajibkan Itachi untuk hadir pada pertemuan klan, dan Itachi hanya bisa menjawab singkat dengan “ya” pada setiap perkataan ayahnya.

Setelah Danzo menerima laporan dari Itachi mengenai pertemuan klan Uchiha, Danzo menemui Sandaime. Danzou mengungkapkan kekhawatirannya tentang kemungkinan rencana kudeta yang sedang dipersiapkan oleh klan Uchiha terhadap desa Konoha. Namun, Sandaime sudah menyiapkan solusi dengan melibatkan Shisui kepada Danzo.

Sandaime memberitahu Danzo bahwa Shisui akan menghadiri pertemuan klan Uchiha. Jika Fugaku menghasut anggotanya untuk melakukan kudeta, maka Shisui akan mengendalikan pikiran Fugaku dengan Teknik Kotoamatsukami. Sandaime mengandalkan Shisui untuk mengendalikan pikiran Fugaku, agar Fugaku membujuk anggota klan Uchiha untuk mempercayai Konoha. Kemudian, Sandaime akan mengajak pihak Konoha untuk kembali memberi kepercayaan pada klan Uchiha, sehingga kedua belah pihak dapat berdamai.

Danzou kemudian mengadakan pertemuan dengan Shisui. Dalam pertemuan ini, Danzou berupaya merebut mata Sharingan Shisui. Namun, Shisui berhasil menyerangnya dengan Genjutsu yang membuat Danzou pingsan. Tanpa sepengetahuan Shisui, ternyata Danzou juga memiliki Sharingan, sehingga Shisui tidak bisa mengantisipasi aksi Danzou yang mengaktifkan Teknik Izanagi untuk mengubah kenyataan sebelumnya. Akibatnya, Danzou berhasil merebut satu mata Sharingan Shisui, tetapi Shisui juga berhasil melarikan diri dari Danzou.

Disaat ayah dan ibu Itachi menunggu kedatangan anak mereka di pertemuan klan, Itachi sendiri menantikan Shisui di sebuah tempat untuk pergi bersama ke pertemuan klan. Setelah Shisui tiba, ia memberitahu Itachi bahwa sudah terlambat untuk menghentikan kudeta klan Uchiha. Shisui juga mengungkapkan kekhawatirannya bahwa jika terjadi perang saudara di Konoha, negara lain akan ikut campur dan memicu perang skala besar, seperti Perang Dunia Shinobi Keempat.

Shisui juga memberitahu Itachi bahwa mata kanannya telah dicuri oleh Danzou. Oleh karena itu, Shisui menyerahkan mata kirinya pada Itachi agar Danzou tidak bisa memiliki keduanya. Terakhir, Shisui menitipkan pesan terakhirnya pada Itachi, yaitu untuk melindungi desa Konoha dan menjaga kehormatan nama klan Uchiha. Setelah itu, Shisui memutuskan untuk mengakhiri hidupnya di Sungai Nakano.

Keesokan harinya, tiga anggota kepolisian klan Uchiha menggeruduk rumah Itachi. Mereka memberitahu Itachi bahwa dua anggota klan Uchiha, yaitu Itachi dan Shisui, tidak hadir dalam pertemuan klan. Lalu, kepolisian mencurigai Itachi sebagai pelaku pembunuhan Shisui di Sungai Nakano. Itachi kesal karena dituduh sebagai orang yang merenggut nyawa Shisui, sehingga ia menghajar tiga anggota kepolisian tersebut hingga terkapar di tanah. Fugaku kemudian menghentikan perkelahian Itachi dengan kepolisian.

Fugaku mengaku heran pada sikap aneh Itachi akhir-akhir ini. Ia pun bertanya mengapa putranya itu tidak hadir dalam pertemuan klan. Itachi lalu melempar kunai yang menusuk simbol klan Uchiha di dinding, ia mengaku sudah muak dengan klan Uchiha. Akibatnya, kepolisian meminta Fugaku untuk memberikan surat perintah penangkapan pada Itachi karena dianggap menghina klan.

Namun, Itachi mendadak berlutut dan meminta maaf atas tindakan serta ucapannya setelah mengetahui bahwa Sasuke sedang menyaksikan perbuatannya. Sebagai kepala kepolisian klan Uchiha, Fugaku pun memaklumi sifat Itachi yang dianggap telah kelelahan menjalankan banyak tugas sebagai Anbu. Fugaku juga berjanji untuk bertanggung jawab dan mengawasi Itachi kepada anggota kepolisian Uchiha.

Selanjutnya, Itachi melaporkan pada petinggi Konoha bahwa kematian Shisui telah meredakan semangat dan mengurangi kekuatan tempur klan Uchiha dalam rencana kudeta. Koharu percaya bahwa upaya kudeta berhasil digagalkan berkat Shisui, namun Sandaime menyayangkan keputusan Shisui yang mengorbankan diri.

Danzou kemudian mengonfirmasi pemberitaan klan Uchiha yang menyebut Itachi sebagai pelaku pembunuhan terhadap Shisui. Namun, Itachi tidak membenarkan pemberitaan tersebut, karena dirinya dan Shisui memiliki tujuan yang sama.

Setelah kematian Shisui, Itachi berhasil membangkitkan Mangekyo Sharingan. Itachi mendatangi kuil Nakano, tempat yang biasa digunakan oleh Klan Uchiha untuk mengadakan pertemuan. Itachi mencoba membaca tulisan batu tablet klan Uchiha yang selama ini tidak bisa ia baca dengan Sharingan biasa.

Namun, dengan Mangekyo Sharingan, Itachi mengetahui bahwa tulisan batu tablet klan Uchiha berisi rahasia cara membangkitkan kekuatan sejati Klan Uchiha. Alih-alih terpengaruh seperti klan Uchiha lainnya yang mendambakan bangkitnya kekuatan sejati Uchiha, Itachi sangat bijak menanggapi bahwa batu tablet klan Uchiha tersebut mengajarkan keserakahan.